В ночь с 6 на 7 июля 2012 года, в результате проливных дождей (за два дня выпала более чем двухмесячная норма осадков) произошло наводнение в Краснодарском крае, от которого особенно сильно пострадал Крымский район и город Крымск (находится в 17-20 км от водохранилища).

Некоторыми экологами и политиками высказывались версии, что был произведен аварийный сброс воды из водохранилища (возможно, намеренный), однако губернатор края и специалист гидрометеослужбы заявили, что ни прорывов плотины ни искусственных сбросов не происходило; водохранилище по их словам функционировало нормально.

Масштабных сбросов воды из Неберджаевского водохранилища во время ливня в Крымском районе Краснодарского края не было и быть не могло, оно, напротив, смягчило последствия наводнения, сообщила пресс-служба компании ЮВК Новороссийск.

Именно данная компания занимается эксплуатацией гидротехнических сооружений Неберджаевского водохранилища.

Глава МЧС Владимир Пучков на встрече с жителями города Крымска заявил, что разрушительное наводнение не могло быть вызвано сбросами воды на Неберджаевском водохранилище.

В свою очередь главный госинспектор по надзору за гидротехническими сооружениями Ростехнадзора Артем Плющ считает, что Неберджаевское водохранилище, скорее всего, сгладило паводок, аккумулировав колоссальное количество воды.

Крымск затопило значительно раньше, чем вода начала уходить через шахтный водосброс, по сведениям компании ЮВК Новороссийск: "Через шахтный водосброс перелив воды начался около 05.45 мск субботы".