Юрий Саакян – признанный эксперт в сфере исследований инфраструктурных отраслей: электроэнергетики, железнодорожного и трубопроводного транспорта. Созданный им в 2005 году Институт проблем естественных монополий (ИПЕМ) за 10 лет работы зарекомендовал себя как один из ключевых мозговых центров России в области регулирования и реформирования естественных монополий, а также влияния их деятельности на смежные отрасли промышленности и экономики в целом. Юрий Саакян принимает активное участие в развитии экономики, являясь членом многих экспертных советов при федеральных органах власти и ряда отраслевых ассоциаций. В 2011 году руководил экспертной группой «Реформирование естественных монополий» по подготовке предложений по обновлению «Стратегии социально-экономического развития России до 2020 года». Автор более 70 научных статей. Под его редакцией были подготовлены коллективные монографии ИПЕМ  «Естественные монополии России» (2007 год) и «Реформирование естественных монополий России» (2010 год).